ভৌগোলিক অবস্থানের কারণে কুতুবদিয়া প্রাকৃতিক দুর্যোগপ্রবণ এলাকা। ১৫৬৯ সালের জলোচ্ছ্বাস, ১৭৬২ সালের ভূমিকম্প, ১৭৯৫ সালের ঘূর্ণিঝড়, ১৮৭২ সালের মহাপ্রলয়, ১৮৯৭ সালের জলোচ্ছ্বাস (মগীর তুফান), ১৯০৫ সালের টর্নেডো, ১৯৬০ ও ১৯৭০ সালের জলোচ্ছ্বাসে এ এলাকার বেশ সংখ্যক মানুষ ও গবাদিপশুর প্রাণহানি ঘটে এবং ফসলের ব্যাপক ক্ষতি হয়। ১৯৯১ সালের ২৯ এপ্রিল ঘূর্ণিঝড় ও জলোচ্ছ্বাসে কুতুবদিয়া উপজেলার প্রায় ১০ হাজার মানুষের প্রাণহানি ঘটে। একসময় এ উপজেলার একটি বিরাট অংশ সাগর বক্ষে বিলীন হয়ে যায়।