কুতুবদিয়া উপজেলায় ১টি উপজেলা স্বাস্থ্য কমপ্লেক্স, ৪টি উপস্বাস্থ্য কেন্দ্র ও ৬টি পরিবার পরিকল্পনা কেন্দ্র রয়েছে।